Premier coureur à remporter cinq fois consécutivement le TOUR DE FRANCE (en 12 participations), de 1991 à 1995 (12 victoires d'étapes ; 60 jours en jaune). Il remporta ses deux seules étapes en ligne dans les Pyrénées (Cauterets en 1989 et Luz Ardiden en 1990). Vainqueur du Tour d'Italie en 1992 et 1993 (3eme en 1994 ; 4 étapes ; 29 jours en rose). Il est à ce jour le seul à avoir réalisé le doublé Giro-Tour deux années de suite. Vainqueur de Paris-Nice en 1989 et 1990 (3eme en 1992 ; 2 étapes), du championnat d'Espagne en 1992, de la Classica San Sebastian en 1990, du Dauphiné Libéré en 1995 et 1996 (plus 3 étapes), du Tour de Catalogne  en 1988, 1991 et 1992 (plus 2 étapes). Champion du monde en 1995 et champion olympique en 1996 du contre-la-montre. Vice-champion du monde sur route en 1993 et 1995 (3eme en 1991). Numero 1 mondial du 15 juin 1992 au 13 juin 1994. Ancien recordman de l'heure (53,040 km). 2eme du Tour d'Espagne en 1991 ( 4 jours en jaune en 1985) et du Tour de Romandie en 1192 (1 étape), 4eme de la Flèche wallonne en 1990 et de de Liège-Bastogne-Liège en 1991.

97 victoires entre 1984 et 1996 dont 42 contre-la-montre. Champion d'Espagne sur route amateur en 1983. Vélo d'or mondial en 1992 et 1993. Ila reçu la Légion d'honneur en 1997. Le Trophée de Navarre est rebaptisé Grand Prix Miguel Indurain en 1999. En 2013, il a été élu deuxième plus grand sportif espagnol de l'histoire derrière Rafael Nadal. Chez les professionnels, il a toujours été fidèle à une seule équipe, Reynolds, devenue Banesto un peu plus tard.