Il a été pendant longtemps un grand atout de l'équipe de France. Vainqueur de la Coupe du Monde en 1998 et champion d'Europe en 2000. Vainqueur du doublé coupe/Championnat de France avec Auxerre en 1996, de la Coupe de France en 1990 avec Montpellier et de la Super Coupe d'Espagne en 1996 avec le FC Barcelone. Champion d'Angleterre en 2003 avec Manchester United. Finaliste de la Coupe de l'UEFA avec Marseille en 1999. 98 sélections (17 buts) comme défenseur central entre 1989 et 2000. 318 matches (81 buts) en Division 1 avec Montpellier, Nîmes, Saint-Etienne, Auxerre et Marseille. 28 matches (1 but) en Liga espagnole avec le FC Barcelone, 98 matches (12 buts) en Serie A italienne avec Naples et l'Inter Milan, 48 matches (1 but) en Premier League anglaise avec Manchester United. Champion d'Europe espoirs en 1988.

En juin 2007, il succède à Ricardo au poste d'entraîneur des Girondins de Bordeaux, avec qui il remporte le Trophée des Champions en 2008 et 2009 (élu entraîneur de l'année en France en 2008), le Championnat de France et la Coupe de la Ligue en 2009 (finaliste en 2010). Son bilan avec Bordeaux entre juin 2007 et mai 2010 est de 93 victoires en 159 matches, toutes compétitions confondues, soit un taux de réussite de 58,5%. Il est ainsi l'entraîneur le plus efficace de l'histoire des Girondins. En mai 2010, il a été nommé sélectionneur de l'équipe de France succédant ainsi à Raymond Domenech . Il quitte ce poste début juillet 2012 après le bilan très mitigé des Bleus à l'Euro 2012 (son bilan : au total 16 victoires, 4 défaites et 7 nuls en 27 matches entre juillet 2010 et juin 2012). En juin 2013, il a été nommé entraîneur du Paris Saint-Germain succédant à Carlo Ancelotti . Il remporte alors le Championnat de France en 2014, 2015 et 2016, la Coupe de la Ligue en 2014, 2015 et 2016, la Coupe de France en 2015 et 2016 et le Trophée des Champions en 2013, 2014 et 2015. Il a réalisé en 2015 un quadruplé inédit en France avec le le club parisien (champion, vainqueur de la Coupe de France, de la coupe de la Ligue et du Trophée des Champions). Il a été licencié de sa poste d'entraîneur en juin 2016 avec une indemnité record de 22 millions euros. Son bilan avec le club parisien de 2013 à 2016 : 126 victoires, 31 nuls et 16 défaites). Après un passage raté au club Al-Rayyan de Qatar pendant 18 mois, le 'Président' retrouve de nouveau la Ligue 1 en octobre 2022 rejoignant Lyon.